传染病诊治国家重点实验室依托浙江大学和传染病学国家重点学科，由国家科技部主管，教育部托管。在国家科技部、教育部、卫生部和浙江省委省政府的大力支持下，实验室于2007年4月提出建设国家重点实验室的申请，2007年9月建设计划通过国家科技部专家组的论证，2007年10月正式获得批准建设。